Guerra civil e conquista espanhola

Ver artigos principais: Guerra dos Dois Irmãos, Conquista do Império Inca e Colonização espanhola da América

Imagem retratando o Massacre de Cajamarca, que deixou milhares de nativos mortos

Um dos principais eventos da conquista do Império Inca foi a morte de Atahualpa, o último Sapa Inca, em 29 de agosto de 1533

Os conquistadores espanhóis liderados por Francisco Pizarro e seus irmãos exploraram o sul do Panamá, alcançando as terras incas em 1526. Ficou claro que eles haviam chegado em terras ricas, com grande chance de se achar grandes tesouros, e após mais uma expedição (1529), Pizarro foi a Espanha e recebeu aprovação real para conquistar a região e a transformar em vice-reinado. Este documento foi recebido em detalhes na seguinte citação: "Em julho de 1529, a rainha da Espanha assinou uma carta permitindo a Pizarro conquistar os Incas. Pizarro foi nomeado governador e capitão de todas as conquistas no Peru, ou Nova Castela como a Espanha agora chama as terras".^[9]
No momento do retorno de Pizarro para o Peru, em 1532, a guerra entre os dois filhos de Huayana Cápac gerando agitação nos territórios recém conquistados - e talvez mais importante, a varíola, que se espalhou pela América Central - tinham enfraquecido o império. Foi lamentável para os Incas que os Espanhóis chegassem bem no meio da guerra civil, alimentado ainda pela doença que precedeu a colonização europeia. Os cavaleiros espanhóis, totalmente blindados, tinham grande superioridade tecnológica sobre as forças incas.
Pizarro não tinha uma grande força ao seu favor: apenas 168 homens, 1 canhão e 27 cavalos. Ele teve que várias vezes se esquivar de confrontos potenciais que poderiam eliminar por completo suas forças. As batalhas pelos Andes foi uma espécie de cerco de guerra onde um grande número de relutantes voluntários eram enviados para esmagar os opositores. Os Espanhóis contavam com melhor tecnologia e técnicas, que se desenvolveram após séculos de guerra contra os Mouros na península Ibérica. Além da superioridade tática e material, ainda acabaram adquirindo vários aliados entre os nativos que queriam ver o fim do domínio Inca sobre seus territórios.
O primeiro confronto foi a Batalha de Puna, perto da atual Guayaquil, na costa do oceano Pacífico. Em seguida, Pizarro fundou a cidade de Piura, em julho de 1532. Hernando de Soto foi enviado para explorar o interior da ilha, e retornou com um convite para conhecer o Sapa Inca, Atahualpa, que derrotou seu irmão na guerra civil e estava descansando em Cajamarca com seu exército de 80.000 homens.
Pizarro e alguns homens, mais notavelmente um frade com o nome de Vicente de Valverde, se reuniram com o inca, que tinha trazido apenas uma pequena comitiva. Por meio de um intérprete, frei Vicente leu o "requerimento", que exigia que o Sapa Inca e o império deviam aceitar o jugo do rei Carlos I de Espanha e se converter ao cristianismo. Devido à barreira linguística, e talvez, a má interpretação, Atahualpa ficou um pouco intrigado com a descrição do frade da fé cristã e foi dito que não tinha entendido completamente a intenção do enviado. Depois de mais uma frustrada tentativa de Atahualpa entender a fé cristã, os espanhóis ficaram impacientes e irritados e atacaram a comitiva (ver Batalha de Cajamarca) e capturaram Atahualpa como prisioneiro.
Atahualpa ofereceu aos espanhóis ouro suficiente para encher a sala em que ele foi preso, e duas vezes a mesma quantidade de prata. O inca satisfizera esse resgate, mas Pizarro alucinado, recusando-se depois a libertar o inca. Durante a prisão de Atahualpa, Huascar foi assassinado noutro local. Os espanhóis mantiveram isso como se fosse ordens do próprio Atahualpa, o que foi utilizado como uma das acusações contra Atahualpa quando os espanhóis finalmente decidiram condená-lo à morte, em agosto de 1533.